Nhằm thực hiện các đề tài nghiên cứu, chuyển giao công nghệ, trao đổi thông tin khoa học, VINAUSEN không ngừng mở rộng mối quan hệ hợp tác với các tổ chức trong và ngoài nước:
1. Trong nước:
- Bộ Tài nguyên và Môi trường
- Viện Tài nguyên và Môi trường thuộc Đại học Quốc gia TP.HCM
- Viện Công nghệ Môi trường thuộc Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam
- Viện Hóa học TP.HCM
- Báo Tài nguyên và Môi trường
- Ban Quản lý các Khu Công nghiệp và Khu chế xuất TP.HCM
- Khoa Môi trường của các Trường Đại học: Bách Khoa Tp.HCM, Khoa học Tự nhiên TP.HCM, Văn Lang, Công nghiệp 4…
2. Ngoài nước:
- Cơ quan Hợp tác Phát triển Quốc tế Hoa Kỳ (USAID)
- Tập đoàn Môi trường Tetra Tech (Hoa Kỳ)
- Đại học Wageningen (Hà Lan)
